کتاب کیمیاگر کتابی فلسفی است که به صورت داستان، مضامین عرفانی متعددی را بیان می کند. زاویه دید در این داستان دانای کل است البته دانای کل نامحدود که به ذهن شخصیت های داستان وارد شده و افکار آنها را بیان نموده است . فضاسازی داستان در صحرا و روستا در زمان حال صورت گرفته است.

ریشه نوشتن این کتاب بر اساس آشنایی هایی کوئلیو با ادبیات ایران باستان است که از «حکیم خیام» آغاز شده تا بعد‌ها به «مولانا» رسیده است. او یکی از داستان‌های مثنوی‌ مولوی را دستمایه نوشتن کیمیاگر می‌کند. نویسنده این اثر بدون آن که کوچک ترین تغییرى در پیرنگ و طرح اصلى داستان بدهد داستان مولوى را گرته بردارى و با کمى تغییر دوباره ارائه کرده است.

داستان در مورد چوپان اسپانیایی است. او که جوانی مسیحی می باشد در پی خوابی که می‌بیند به راهنمایی های چند نفر روانه‌ی یافتن گنجش می‌گردد که بر اساس خوابش، گنج در اهرام مصر واقع شده است.

در طی سفر باید بسیاری از علاقه مندهایش را نادیده بگیرد تا به هدفش برسد. او تحت تعلیم و راهنمایی پیری واقع می شود و از صحرا می گذرد و مراقبه و سکوت در پیش گیرد تا به راستی کیمیاگر می گردد. او با باد و خورشید و صحرا سخن می گوید و آن‌ها را تحت سلطه‌ی خویش در می آورد.

اما نهایتا در می‌یابد که گنج او در همان سرزمینی است که از آنجا سفرش را آغاز کرده است. از سفرش باز می گردد و در همان کلیسای متروکـه ای که با گوسفندانش می‌خوابیده است در زیر یک درخت، گنج را پیدا می کند.